Prema Propozicijama i Uputama za odigravanje završnice HNK, natjecateljski brojevi određuju se na temelju koeficijenta uspješnosti koji imaju klubovi u natjecanju kupa u zadnjih 5 godina, a u slučaju istog broja bodova odlučuje poredak u ligi u kojoj su se klubovi natjecali u prvenstvu 2012./13. Među 16 klubova pobjednika iz utakmica pretkola ima čak 10 klubova koji nemaju bodova u natjecanju kupa u zadnjih 5 godina pa je o poretku za utvrđivanje natjecateljskih brojeva odlučivao upravo plasman iz prošlogodišnjeg prvenstva.

Natjecateljski brojevi klubova su slijedeći: 1. Dinamo, 2. Hajduk, 3. Cibalia, 4. Osijek, 5. Varaždin, 6. Slaven Belupo, 7. Zagreb, 8. Šibenki, 9. Rijeka, 10. Istra 1961, 11. Pomorac, 12. Inter-Zaprešić, 13. Karlovac, 14. Zadar, 15. Vinogradar, 16. Zagora, 17. HAŠK, 18. Zelina, 19. Segesta, 20. Međimurje, 21. Gorica, 22. Lučko, 23. Slavonija, 24. Zmaj, 25. Podravina, 26. Marsonia, 27. Jadran-Poreč, 28. Novigrad, 29. Torpedo, 30. Drava, 31. Kustošija i 32. Suhopolje.

Kako se u 1/16 parovi određuju na principu najudaljenijih brojeva (32-1, 31-2 itd.) uz domaćinstvo slabije rangiranog kluba, parovi 1/16 su slijedeći: Suhopolje-Dinamo, Kustošija-Hajduk, Drava-Cibalia, Torpedo-Osijek, Novigrad-Varaždin, Jadran Poreč-Slaven Belupo, Marsonia-Zagreb, Podravina-Šibenik, Zmaj-Rijeka, Slavonija-Istra 1961. Lučko-Pomorac, Gorica-Inter Zaprešić, Međimurje-Karlovac, Segesta-Zadar, Zelina-Vinogradar i HAŠK-Zagora.

Utakmica Međimurje-Karlovac neće se igrati budući da je NK Karlovac obavijestio Povjerenstvo za natjecanje da nema više aktivnih momčadi u natjecanju pa će NK Međimurje ostvariti izravan plasman u osminu finala.

Prema kalendaru natjecanja HNS-a, utakmice 1/16 završnog dijela natjecanja za HNK igraju se u srijedu 25. rujna.