Poslije nogometne karijere ostao je aktivan u upravljačkim strukturama nekoliko klubova. Dao je veliki doprinos u najslavnijim danima Nogometnog kluba Omladinac Novo Selo Rok. Uz Marijana Uršanića i Dragutina Katalenića bio je jedan od osnivača Nogometnog kluba Međimurje, gdje je na mjestu direktora radio sve do 2021. godine.
Sudjelovao je u Domovinskom ratu, a na samom početku kao član Kriznog štaba Općine Čakovec dao veliki doprinos u oslobađanju čakovečke vojarne. Bio je pokretač satiričkog časopisa Feferon.
Hrvatski nogometni savez izražava duboku sućut obitelji Stjepana Hamonajca zbog ovog nenadoknadivog gubitka.
